Најтежи напад у Босни и Херцеговини догодио се средином септембра 1997. године у Мостару, када је у експлозији аутомобила-бомбе лакше и теже повређено 28 особа. На месту експлозије остао је кратер дубок готово метар и широк два и по метра. Уништено је око 120 станова и готово исто толико аутомобила. Напад су извели Али Хамад, Ахмед Зухаир, Салех Недал и Владо Поповски, од којих су најмање двојица имали директне везе са Ал Каидом. Зухаир је ухапшен у Јемену, одакле је пребачен у америчку базу Гвантанамо на Куби.

Обавештајци, који су пратили ову групу, нису до краја успели да у потпуности разлуче да ли је бомбашки напад у Мостару верски мотивисан терористички чин, или представља освету једног од чланова ове групе за злостављања која је, наводно, претрпео у логору Хрватског већа одбране (ХВО). Први послератни напад који се повезује са радикалним исламистима догодио се у Бановићима крајем 1995. године, када је нестао службеник УНПРОФОР-а Вилијем Џеферсон. Његово тело откривено је после серије разговора службеника Федералног истражног бироа са Али Хамадом у зеничком затвору.

Велики пажњу и лавину спекулација покренуло је и убиство заменика министра унутрашњих послова БиХ Јозе Леутара 1999. године. Леутар је погинуо пошто је његов службени аутомобил одлетео у ваздух, а никада није доказано ко је то дело починио. Све очи биле су, међутим, упрте у радикалне исламисте и утицајне политичаре који су са њима одржавали везе.
Атентату на Леутара претходили су напади на хрватске полицајце у Травнику у којима су убијене две особе. Међутим, истрага, као и у случају Леутар, није успела да дође до закључка ко је кривац за та убиства – локални хрватски криминалци или радикални исламисти, који су се, касније, хвалили да су починили нападе.

Највећу медијску пажњу изазвао је неуспешни покушај Мирсада Бекташевића Максимуса да се дигне у ваздух у једној од западних амбасада у Сарајеву. Током истраге је заплењено оружје, 20 килограма експлозива, самоубилачки појасеви, али и снимак Бекташевићевог тестамента. Случај је изазвао огромну пажњу јер је напад, који је спречен „у последњи час“, био организован у целости путем интернета, а у истрагу су били укључени полицајци из десетак држава, укључујући и САД.

Бекташевић је, како се показало, био у директној вези са Абу Мусафом ал Заркавијем, тадашњим лидером Ал Каиде у Ираку, али и читавим низом особа које су, путем интернета, регрутовале радикалне исламисте широм западне Европе и северне Америке.

У селу Костајница код Коњица, 2002. године, Муамер Топаловић је убио три члана породице Анђелић, а сина тешко ранио. Трагедија је могла бити и већа јер је у том тренутку у кући било седам чланова ове породице. Топаловић је осуђен на 35 година затвора пошто је признао да је породицу Анђелић напао из „идеолошко-верских побуда“.

Крајем 2008. године, у експлозији у тржном центру у Витезу погинула је једна, а рањене су три особе. Експлозив је поставио Амир Ибрахими.

У једном од најужаснијих терористичких напада у БиХ, у Бугојну је у јуну 2010. године погинула једна, док је шест особа рањено. Тројица радикалних исламиста, који су касније осуђени на озбиљне затворске казне, поставили су експлозив на зид полицијске станице и активирали га када су полицајци напуштали те просторије.

Мевлид Јашаревић је, у октобру 2011. године, направио прави хаос у Сарајеву пошто је пуцао на америчку амбасаду и ранио једног полицајца. Центар града био је паралисан око пола сата, а Јашаревић је савладан када су га специјалци ранили у ногу.

Током година, обавештајци из БиХ и ФБИ су тврдили да су спречили читав низ терористичких напада у БиХ, попут планираног терористичког напада на базу Орао код Тузле, планирање напада на базу Конор код Сребреника, наводни план напада на тадашњег председника САД Била Клинтона.

У последњој фази планирања, како су тврдили западни обавештајци, спречен је атентат на папу Јована Павла Другог током посете Сарајеву. Радикални исламисти су, тада, планирали да испод подвожњака поставе тридесетак противтенковских мина.