Najteži napad u Bosni i Hercegovini dogodio se sredinom septembra 1997. godine u Mostaru, kada je u eksploziji automobila-bombe lakše i teže povređeno 28 osoba. Na mestu eksplozije ostao je krater dubok gotovo metar i širok dva i po metra. Uništeno je oko 120 stanova i gotovo isto toliko automobila. Napad su izveli Ali Hamad, Ahmed Zuhair, Saleh Nedal i Vlado Popovski, od kojih su najmanje dvojica imali direktne veze sa Al Kaidom. Zuhair je uhapšen u Jemenu, odakle je prebačen u američku bazu Gvantanamo na Kubi.

Obaveštajci, koji su pratili ovu grupu, nisu do kraja uspeli da u potpunosti razluče da li je bombaški napad u Mostaru verski motivisan teroristički čin, ili predstavlja osvetu jednog od članova ove grupe za zlostavljanja koja je, navodno, pretrpeo u logoru Hrvatskog veća odbrane (HVO). Prvi posleratni napad koji se povezuje sa radikalnim islamistima dogodio se u Banovićima krajem 1995. godine, kada je nestao službenik UNPROFOR-a Vilijem Džeferson. Njegovo telo otkriveno je posle serije razgovora službenika Federalnog istražnog biroa sa Ali Hamadom u zeničkom zatvoru.

Veliki pažnju i lavinu spekulacija pokrenulo je i ubistvo zamenika ministra unutrašnjih poslova BiH Joze Leutara 1999. godine. Leutar je poginuo pošto je njegov službeni automobil odleteo u vazduh, a nikada nije dokazano ko je to delo počinio. Sve oči bile su, međutim, uprte u radikalne islamiste i uticajne političare koji su sa njima održavali veze.
Atentatu na Leutara prethodili su napadi na hrvatske policajce u Travniku u kojima su ubijene dve osobe. Međutim, istraga, kao i u slučaju Leutar, nije uspela da dođe do zaključka ko je krivac za ta ubistva – lokalni hrvatski kriminalci ili radikalni islamisti, koji su se, kasnije, hvalili da su počinili napade.

Najveću medijsku pažnju izazvao je neuspešni pokušaj Mirsada Bektaševića Maksimusa da se digne u vazduh u jednoj od zapadnih ambasada u Sarajevu. Tokom istrage je zaplenjeno oružje, 20 kilograma eksploziva, samoubilački pojasevi, ali i snimak Bektaševićevog testamenta. Slučaj je izazvao ogromnu pažnju jer je napad, koji je sprečen „u poslednji čas“, bio organizovan u celosti putem interneta, a u istragu su bili uključeni policajci iz desetak država, uključujući i SAD.

Bektašević je, kako se pokazalo, bio u direktnoj vezi sa Abu Musafom al Zarkavijem, tadašnjim liderom Al Kaide u Iraku, ali i čitavim nizom osoba koje su, putem interneta, regrutovale radikalne islamiste širom zapadne Evrope i severne Amerike.

U selu Kostajnica kod Konjica, 2002. godine, Muamer Topalović je ubio tri člana porodice Anđelić, a sina teško ranio. Tragedija je mogla biti i veća jer je u tom trenutku u kući bilo sedam članova ove porodice. Topalović je osuđen na 35 godina zatvora pošto je priznao da je porodicu Anđelić napao iz „ideološko-verskih pobuda“.

Krajem 2008. godine, u eksploziji u tržnom centru u Vitezu poginula je jedna, a ranjene su tri osobe. Eksploziv je postavio Amir Ibrahimi.

U jednom od najužasnijih terorističkih napada u BiH, u Bugojnu je u junu 2010. godine poginula jedna, dok je šest osoba ranjeno. Trojica radikalnih islamista, koji su kasnije osuđeni na ozbiljne zatvorske kazne, postavili su eksploziv na zid policijske stanice i aktivirali ga kada su policajci napuštali te prostorije.

Mevlid Jašarević je, u oktobru 2011. godine, napravio pravi haos u Sarajevu pošto je pucao na američku ambasadu i ranio jednog policajca. Centar grada bio je paralisan oko pola sata, a Jašarević je savladan kada su ga specijalci ranili u nogu.

Tokom godina, obaveštajci iz BiH i FBI su tvrdili da su sprečili čitav niz terorističkih napada u BiH, poput planiranog terorističkog napada na bazu Orao kod Tuzle, planiranje napada na bazu Konor kod Srebrenika, navodni plan napada na tadašnjeg predsednika SAD Bila Klintona.

U poslednjoj fazi planiranja, kako su tvrdili zapadni obaveštajci, sprečen je atentat na papu Jovana Pavla Drugog tokom posete Sarajevu. Radikalni islamisti su, tada, planirali da ispod podvožnjaka postave tridesetak protivtenkovskih mina.