Manastir Bogorodica Stonska je nekadašnji manastir Srpske pravoslavne crkve koji je postojao tokom 13. i početkom 14. vijeka u blizini Stona na poluostrvu Pelješcu. U ovom manastiru je 1219. godine prvi srpski arhiepiskom Sveti Sava osnovao Humsku eparhiju za oblasti Humske Zemlje i Travunije (današnja Hercegovina, sa dubrovačkim primorjem).

Današnji izgled rimokatoličkog hrama Gospe od Lužina na mjestu nekadašnjeg pravoslavnog manastira Bogorodice Stonske

U drugoj polovini 12. vijeka, Humskom Zemljom je vladao veliki knez Miroslav, brat Stefana Nemanje. Nakon smrti kneza Miroslava, koji je stolovao upravo u Stonu, u oblasti Zahumlja je nastupilo razdoblje previranja, koje je okončano za vrijeme vladavine srpskog kralja Stefana Prvovenčanog.

Kada je prvi srpski arhiepiskom Sveti Sava nakon sticanja crkvene autokefalnosti 1219. godine pristupio organizovanju novih eparhija, jednu od njih je smjestio upravo pri starom hramu Bogorodice Stonske.

U vrijeme osnivanja, Humska eparhija je obuhvatala čitavu oblast Humske Zemlje sa Travunijom.

Iako prvobitna povelja Stefana Prvovenčanog i svetog Save iz 1220. godine o osnivanju Humske eparhije i njenog eparhijskog vlastelinstva nije sačuvana, njen sadržaj se može sagledati na osnovu kasnije potvrdne povelje srpskog kralja Stefana Uroša I iz 1243—1253. godine. Ovom poveljom, kralj je potvrdio sve ranije darove svoga oca Stefana Prvovjenčanog humskom manastiru Bogorodice Stonske.

Međutim, kada se postavilo pitanje o izmiještanju katedralnog mjesta Humske eparhije iz Stona u hram Svetog Petra na Limu u Bijelom Polju, kralj Uroš je 1254—1263. godine starim posjedima pridodao i nove, mahom u Polimlju. Usljed neredovnih prilika i izmiještanja boravišnog mjesta humskih episkiopa, manastir Bogorodice Stonske je počeo da opada.

Nakon smrti srpskog kralja Stefana Milutina (1321), uspio je bosanski ban Stjepan II Kotromanić da zavlada Zahumljem. Tadašnji humski episkop Danilo je stoga boravio u manastiru Sv. Petra na Limu. Negov nasljednik, humski episkop Stefan (1324) se takođe nije mogao vratiti u Ston. Stoga mu je srpski kralj Stefan Dečanski potvrdio posjed nad Manastirom Sv. Petra na Limu u Bijelom Polju.

Međutim, pravoslavno sveštenstvo je nakon svih ovih zbivanja i dalje bilo prisutno u Stonu, što je potvrđeno i znamenitim ugovorom iz 1333. godine, sklopljenim između Dubrovčana i srpskog kralja Stefana Dušana, u kojem je bilo izričito predviđeno da je nakon predaje Stona u njemu ostati i pravoslavni sveštenik.

Međutim, ova odredba kasnije nije poštovana, tako je usljed rimokatoličkog prozelitizma u stonskom primorju došlo do znatnog opadanja pravoslavlja.

Prema dubrovačkom katastru iz 1393. godine, manastir Bogorodice Stonske je već uveliko bio zapustio: „Item dighemo che le saline e lo monastero de sca Maria cum tute sua raxon e pretinentia si e del Comun“.

Na osnovu pomena solane u ovom zapisu, istoričari su zaključili da se manastir Bogorodice Stonske nalazio u dijelu Stonskog polja poznatom kao Lužine, po čemu je manastirski hram vremenom i postao poznat kao Gospa od Lužina. Nakon preuzimanja od strane rimokatolika, hram je tokom narednih vijekova pretrpio razne prepravke.

Sistematska arheološka istraživanja na tom lokalitetu još uvijek nisu sprovedena.